Phylogeny and antimicrobial resistance of extended-spectrum beta-lactamaseproducing Escherichia coli from hospitalized oncology patients in Perú / Filogenia y resistencia de cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido a los antibióticos en pacientes con cáncer hospitalizados en Perú.

Introduction: Healthcare-associated infections are a public health problem due to the increased morbimortality of patients, especially those with risk factors such as immunosuppression due to oncological diseases. It is essential to determine the genetic diversity of the main microorganisms causing healthcare infections by combining traditional epidemiological surveillance and molecular epidemiology for better outbreak follow-up and early detection. Objective: To determine the phylogenetic group and antibiotic resistance of Escherichia coli isolated from hospitalized oncologic patients. Materials and methods: We conducted a cross-sectional study of 67 strains of ESBL-producing Escherichia coli to determine their phylogenetic group and described their antibiotic resistance profile, beta-lactam resistance genes, as well as the type of sample and the hospitalization areas from which they were recovered. Results: The most frequent phylogenetic group was B2 (36%); 57% of B2 strains were isolated from urine and 33% came from the urology department. Resistance to ciprofloxacin and gentamicin was 92% and 53%, respectively, and 79% of the strains had the blaCTX-M gene. A significant association (p<0.05) was found between the phylogenetic groups, ciprofloxacin resistance, and the age of the patients. Conclusion: The predominant E. coli phylogroup was B2. We evidenced high resistance to ciprofloxacin and gentamicin, a high proportion of ESBL strains with the blaCTX-M gene, and a significant association between the phylogenetic group and the resistance to ciprofloxacin.

Introducción. Las infecciones asociadas con la atención en salud constituyen un problema de salud pública porque aumentan la morbimortalidad de los pacientes, sobre todo de aquellos con factores de riesgo, como la inmunosupresión debida a enfermedades oncológicas. Es importante conocer la diversidad genética de los principales microorganimos causantes de infecciones hospitalarias mediante la vigilancia epidemiológica tradicional y la epidemiología molecular, para hacer un mejor seguimiento y detectar brotes tempranamente. Objetivo. Determinar el grupo filogenético y la resistencia a antibióticos de las cepas de Escherichia coli aisladas de pacientes con cáncer hospitalizados. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de tipo transversal que incluyó 67 cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Se determinó el grupo filogenético, el perfil de resistencia a los antibióticos, los genes de resistencia a betalactámicos, el tipo de las muestras y los servicios de hospitalización de donde fueron recuperadas. Resultados. El grupo filogenético más frecuente fue el B2 (36 %). El 57 % de las cepas B2 fueron aisladas de muestras de orina y el 33 % provenía del servicio de urología. La resistencia a ciprofloxacino y gentamicina fue de 91 y 53 %, respectivamente, y el 79 % de las cepas tenía el gen blaCTX-M. Se encontró una relación significativa (p<0,05) entre los grupos filogenéticos y la resistencia a ciprofloxacina, así como a la edad del paciente. Conclusión. El filogrupo de E. coli predominante fue el B2. Se evidenció una gran resistencia a ciprofloxacina y gentamicina, una proporción elevada de cepas BLEE con el blaCTX-M, y una relación entre el grupo filogenético y la resistencia a ciprofloxacino.

Filogenia y resistencia de cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido a los antibióticos en pacientes con cáncer hospitalizados en Perú / Phylogeny and antimicrobial resistance of extended-spectrum beta-lactamase- producing Escherichia coli from hospitalized oncology patients in Perú

Introducción. Las infecciones asociadas con la atención en salud constituyen un problema de salud pública porque aumentan la morbimortalidad de los pacientes, sobre todo de aquellos con factores de riesgo, como la inmunosupresión debida a enfermedades oncológicas. Es importante conocer la diversidad genética de los principales microorganimos causantes de infecciones hospitalarias mediante la vigilancia epidemiológica tradicional y la epidemiología molecular, para hacer un mejor seguimiento y detectar brotes tempranamente. Objetivo. Determinar el grupo filogenético y la resistencia a antibióticos de las cepas de Escherichia coli aisladas de pacientes con cáncer hospitalizados. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de tipo transversal que incluyó 67 cepas de Escherichia coli productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Se determinó el grupo filogenético, el perfil de resistencia a los antibióticos, los genes de resistencia a betalactámicos, el tipo de las muestras y los servicios de hospitalización de donde fueron recuperadas. Resultados. El grupo filogenético más frecuente fue el B2 (36 %). El 57 % de las cepas B2 fueron aisladas de muestras de orina y el 33 % provenía del servicio de urología. La resistencia a ciprofloxacino y gentamicina fue de 91 y 53 %, respectivamente, y el 79 % de las cepas tenía el gen blaCTX-M. Se encontró una relación significativa (p<0,05) entre los grupos filogenéticos y la resistencia a ciprofloxacina, así como a la edad del paciente. Conclusión. El filogrupo de E. coli predominante fue el B2. Se evidenció una gran resistencia a ciprofloxacina y gentamicina, una proporción elevada de cepas BLEE con el blaCTX-M, y una relación entre el grupo filogenético y la resistencia a ciprofloxacino.

Introduction: Healthcare-associated infections are a public health problem due to the increased morbimortality of patients, especially those with risk factors such as immunosuppression due to oncological diseases. It is essential to determine the genetic diversity of the main microorganisms causing healthcare infections by combining traditional epidemiological surveillance and molecular epidemiology for better outbreak follow-up and early detection. Objective: To determine the phylogenetic group and antibiotic resistance of Escherichia coliisolated from hospitalized oncologic patients. Materials and methods: We conducted a cross-sectional study of 67 strains of ESBL-producing Escherichia coli to determine their phylogenetic group and described their antibiotic resistance profile, beta-lactam resistance genes, as well as the type of sample and the hospitalization areas from which they were recovered. Results: The most frequent phylogenetic group was B2 (36%); 57% of B2 strains were isolated from urine and 33% came from the urology department. Resistance to ciprofloxacin and gentamicin was 92% and 53%, respectively, and 79% of the strains had the blaCTX-Mgene. A significant association (p<0.05) was found between the phylogenetic groups, ciprofloxacin resistance, and the age of the patients. Conclusion: The predominant E. coli phylogroup was B2. We evidenced high resistance to ciprofloxacin and gentamicin, a high proportion of ESBL strains with the blaCTX-M gene, and a significant association between the phylogenetic group and the resistance to ciprofloxacin.

Immunological and biochemical response of older adults with urinary tract infection to uropathogenic Esherichia coli virulence factors. / Respuesta inmunológica y bioquímica de ancianos con infección urinaria frente factores de virulencia en Escherichia coli uropatógenas.

Descriptive study in which 24 urine samples from older adults with urinary tract infection (UTI), from nursing homes, were evaluated; in order to identify differences in the immune and biochemical response from older adults with UTI by Escherichia coli (E. coli) to major virulence factors in the pathogenesis of UTI. Iron concentration, TNF-α, IL-1ß and antioxidant capacity in urine were determined. A relation was found between, an increase in iron and red blood cell concentration in urine, and the presence of the pap GII gene found in E. coli. It is concluded that older adults, with UTIs by E. coli with the gene pap GII, have increased tissue damage.

Con el objetivo de evidenciar diferencias en la respuesta inmunológica y bioquímica de ancianos con infección del tracto urinario (ITU) por Escherichia coli (E. coli) frente a factores de virulencia de importancia en la patogenia de la ITU, se realizó un estudio descriptivo en el cual se evaluaron 24 muestras de orina de adultos mayores con ITU provenientes de centros de reposo gerontológicos. Se determinó la concentración de hierro, TNF-α, IL-1ß y la capacidad antioxidante en la orina, encontrándose una relación entre una mayor concentración de hierro y de hematíes en la orina con la presencia del gen pap GII en la E. coli. Se concluye que los adultos mayores con ITU por E. coli portadoras del gen pap GII, presentan mayor daño tisular.

Respuesta inmunológica y bioquímica de ancianos con infección urinaria frente factores de virulencia en Escherichia coli uropatógenas / Immunological and biochemical response of older adults with urinary tract infection to uropathogenic Esherichia coli virulence factors

RESUMEN Con el objetivo de evidenciar diferencias en la respuesta inmunológica y bioquímica de ancianos con infección del tracto urinario (ITU) por Escherichia coli (E. coli) frente a factores de virulencia de importancia en la patogenia de la ITU, se realizó un estudio descriptivo en el cual se evaluaron 24 muestras de orina de adultos mayores con ITU provenientes de centros de reposo gerontológicos. Se determinó la concentración de hierro, TNF-α, IL-1β y la capacidad antioxidante en la orina, encontrándose una relación entre una mayor concentración de hierro y de hematíes en la orina con la presencia del gen pap GII en la E. coli. Se concluye que los adultos mayores con ITU por E. coli portadoras del gen pap GII, presentan mayor daño tisular.

ABSTRACT Descriptive study in which 24 urine samples from older adults with urinary tract infection (UTI), from nursing homes, were evaluated; in order to identify differences in the immune and biochemical response from older adults with UTI by Escherichia coli (E. coli) to major virulence factors in the pathogenesis of UTI. Iron concentration, TNF-α, IL-1β and antioxidant capacity in urine were determined. A relation was found between, an increase in iron and red blood cell concentration in urine, and the presence of the pap GII gene found in E. coli. It is concluded that older adults, with UTIs by E. coli with the gene pap GII, have increased tissue damage.

Clasificación filogenética de Escherichia coli uropatógena y respuesta inmunometabólica en adultos mayores con infección urinaria en casas de reposo / Immunometabolic response in older adults with urinary tract infection and phylogenetic classification of Escherichia coli in elderly homes

Objetivos: caracterizar la respuesta inmunometabólica en la orina de pacientes adultos mayores infectados con Escherichia coli uropatógena residentes en casas de reposo y determinar su frecuencia filogenética. Materiales y métodos: estudio observacional descriptivo, en el cual se enrolaron 24 pacientes con infección del tracto urinario y 17 pacientes sin infección del tracto urinario. Se cuantificó el hierro y el TNF ­ α en orina por métodos espectrofotométricos, la capacidad antioxidante por ensayo ABTS+* y la determinación filogenética de E. coli por el método de Clermont. Resultados: la concentración de hierro, TNF ­ α y la capacidad antioxidante en la orina en pacientes con infección del tracto urinario los valores fueron de 175,40 µg/L, 70,11 pg/mL y 1229,75 µg/mL eq-VitC, mientras que en pacientes sin infección fue de 67,4 µg/L (p = 0,001), 87,16 pg/mL (p = 0,08) y 1069,14 µg/mL eq-VitC (p = 0,61) respectivamente. Además, se encontraron 11 E.coli pertenecientes al grupo B2 y 13 agrupados en no - B2 (A, B1, D y E). Conclusiones: se evidencia una alta disponibilidad de hierro en la orina de los pacientes adulto mayores con infección del tracto urinario, lo cual estimula la proliferación bacteriana. Hay una elevada capacidad antioxidante en la orina de los pacientes con infección del tracto urinario y una mayor presencia clonal de E.coli de tipo no B2 en la orina de los pacientes residentes en casas de reposo..(AU)

Objectives: to characterize the immunometabolic response in the urine of elderly patients infected with uropathogenic Escherichia coli resident in elderly homes and determine its phylogenetic frequency. Materials and methods: descriptive and observational study in which 24 patients with urinary tract infection and 17 patients without urinary tract infection were enrolled. Were quantified Iron and TNF ­ α in urine by spectrophotometric methods, the antioxidant capacity by ABTS + * assay and the phylogenetic determination of E. coli by the Clermont method. Results: the concentration of iron, TNF - α and the antioxidant capacity in urine in patients with urinary tract infection were 175.40 µg / L, 70.11 pg / mL and 1229.75 µg / mL eq-VitC, while in patients without infection the values were of 67.4 µg / L (p = 0.001), 87.16 pg / mL (p = 0.08) and 1069.14 µg / mL eq-VitC (p = 0.61) respectively. In addition, 11 E. coli belonging to group B2 and 13 grouped in non - B2 (A, B1, D and E) were found. Conclusions: high availability of iron in the urine of elderly patients with urinary tract infection is evidenced, which stimulates bacterial proliferation. There is a high antioxidant capacity in the urine of patients with urinary tract infection and a greater clonal presence of non-B2 type E.coli in the urine of patients residing in elderly homes..(AU)

Enfoques de aprendizaje y rendimiento académico en estudiantes de medicina del primer año de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos / Learning approaches and academic performance of first year medical students of National Major University of San Marcos

Introducción. Cada año, miles de estudiantes de medicina se enfrentan al desafío de superar las asignaturas para adquirir las competencias para sus actividades profesionales. El éxito de la vida estudiantil en camino a la profesión depende de muchos factores incluyendo los enfoques de aprendizaje. Objetivo. Determinar los enfoques de aprendizaje predominantes de los estudiantes de medicina del primer año y su relación con el rendimiento académico. Diseño. Estudio observacional, descriptivo, de corte transversal, cuantitativo. Lugar. Facultad de Medicina, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú. Participantes. Estudiantes de la Facultad de Medicina. Intervenciones. A 130 estudiantes de la Facultad de Medicina matriculados en la asignatura de Biología celular y molecular, se aplicó una versión corta del cuestionario Approaches and Study Skills Inventory for Students (ASSIST) y se evaluó la relación de enfoques de aprendizaje con rendimiento académico. La asociación de las subescalas del cuestionario se evaluó mediante análisis factorial y la consistencia interna mediante análisis alfa de Cronbach. La relación de cada enfoque de aprendizaje y el rendimiento académico se evaluó mediante análisis de regresión. El efecto de la edad, sexo y sus interacciones con cada enfoque de aprendizaje se evaluó con la prueba ANOVA de dos vías. Principales medidas de resultados. Puntaje de los enfoques de aprendizaje profundo, estratégico y superficial. Resultados. El puntaje total de los enfoques de aprendizaje profundo, estratégico y superficial fueron 22,4, 20,4 y 15,4, respectivamente. Hubo correlación significativa entre la puntuación de exámenes teóricos y enfoque estratégico (p=0,004). No se encontraron diferencias con relación a edad y sexo. Conclusiones. El enfoque profundo fue el predominante en estudiantes de medicina del primer año de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Se encontró correlación significativa entre el enfoque estratégico y el rendimiento académico.

Introduction: Every year thousands of medical students face the challenge of overcoming academic subjects to acquire skills for their professional activities. The success of the student's life on the way to the profession depends on many factors including learning approaches. Objective: To determine the predominant learning approaches in the first year medical students and their relationship to academic achievement. Design: Observational, descriptive, quantitative study. Institution: Faculty of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Peru. Participants: Medical students. Interventions: The short version of the questionnaire Approaches and Study Skills Inventory for Students (ASSIST) was applied to 130 first year medical students enrolled in the Cellular and Molecular Biology subject; the relationship of learning approaches with academic performance was evaluated. The association of the subscales was assessed by factorial analysis and the internal consistency by Cronbach's alpha analysis. The relationship of each approach to learning and academic performance was evaluated by regression analysis. The effect of age, gender and their interactions with each learning approach were evaluated by a two-way ANOVA. Main outcome measures: Deep, strategic and superficial learning approaches score. Results: The total score for deep, strategic and superficial learning approaches were 22.4, 20.4, and 15.4 respectively. There was significant correlation between theoretical examination scores and strategic approach (p = 0.004). No differences in relation to age and sex were found. Conclusions: The deep approach was predominant in San Marcos first year medical students. There was high significant correlation between the theoretical examinations and the strategic approach.

Isoenzimas de adenosina deaminasa en líquido cefalorraquídeo como ayuda diagnóstica en tuberculosis meníngea / Cerebrospinal fluid adenosine deaminase isoenzymes in meningeal tuberculosis diagnosis

Introducción: La tuberculosis (TB) sigue siendo uno de las principales causas de muerte en el mundo. La TB meníngea como complicación requiere detección pronta e instalación inmediata de la terapia apropiada. Dada la baja sensibilidad de la baciloscopia y del cultivo del bacilo tuberculoso, se presenta el estudio de las isoenzimas adenosina deaminasa (ADA) como contribución al diagnóstico diferencial de la TB meníngea. Objetivo: Determinar la actividad de isoenzimas ADA en líquido cefalorraquídeo (LCR) de pacientes con TB meníngea. Diseño: Investigación descriptiva, con muestreo no probabilístico. Institución: Centro de Investigación de Bioquímica y Nutrición, Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Material biológico: Muestras de LCR de pacientes con TB. Intervenciones: Se consideró muestras de LCR con actividad ADA mayor a 9 U/L, que fueron conservadas a -40 °C hasta la corrida electroforética en sistema vertical. El análisis estadístico se realizó aplicando Mann - Withney, con un nivel de significancia de 0,1 para comparar los valores ADA de TB meníngea frente a otras enfermedades del sistema nervioso central (SNC). Principales medidas de resultados: Isoenzimas ADA1m, ADA1cp y ADA2. Resultados: Las medianas de la actividad de ADA total en LCR de pacientes tuberculosos fueron mayores que en otras enfermedades parainfectivas del SNC. ADA1cp tuvo mayor contribución para ADA total en ambos casos, mostrando mayor incremento en tuberculosis meníngea. También, ADA2 aumentó en TB meníngea frente a otras enfermedades del SNC. Conclusiones: Las isoenzimas ADA en LCR expresan niveles elevados de ADA2 en tuberculosis meníngea, como consecuencia del incremento de la línea celular monocito-macrófago.

Introduction: Tuberculosis (TB) is a leading cause of death worldwide. Meningeal tuberculosis is a complication that requires early detection and immediate installation of appropriate therapy. Given the low sensitivity of sputum smear and culture of bacillus tuberculosis, other tools should be explored in the differential diagnosis of tuberculous meningitis such as adenosine deaminase (ADA) isoenzymes. Objectives: To determine ADA isoenzymes activity in cerebrospinal fluid (CSF) of patients with tuberculous meningitis. Design: Descriptive study, with non-probability sampling. Institution: Biochemistry and Nutrition Research Center, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Peru. Biological materials: Samples of CSF from patients with clinical symptoms of tuberculous meningitis. Interventions: Samples of CSF with ADA activity above 9 U / L were stored at -40°C until vertical electrophoresis was run. Mann - Whitney statistical analysis was used with 0.1 significance level to compare meningeal tuberculosis ADA values with other nervous system diseases. Main outcome measures: Isoenzymes ADA1m, ADA1cp, and ADA2. Results: Median total ADA enzyme activity in CSF in all patients with TB meningitis was higher than in other parainfective diseases of the central nervous system. In both cases ADA1cp had greater contribution to total ADA and showed larger increase in tuberculous meningitis. ADA2 increase was higher in meningeal tuberculosis compared with other CNS diseases. Conclusions: CSF electrophoresis distinguishes ADA isoenzymes, showing elevated levels of ADA2 in meningeal tuberculosis as a result of increased monocyte-macrophage cell line.

Uroanálisis en pacientes pediátricos de tres hospitales de Lima, 2011 / Urinalysis in pediatrics patients in three Lima hospitals, 2011

Objetivos: Determinar las diferencias en los procedimientos y resultados del examen de orina en tres grandes hospitales de Lima. Diseño: Estudio descriptivo con muestreo no probabilístico. Instituciones: Instituto Nacional de Salud del Niño, Hospital Docente Madre Niño San Bartolomé e Instituto Materno Perinatal. Materiales: Muestras de orina de pacientes pediátricos. Intervenciones: Las muestras de 208 análisis de orina fueron alicuotadas y distribuidas en los tres hospitales en estudio. Se recolectó los resultados en las que cada hospital realizó su propio protocolo; además, se efectuó una encuesta para evaluar los procedimientos utilizados. Se usó el análisis kappa para analizar la concordancia entre cada parámetro de resultado obtenido. Principales medidas de resultados: Diferencias en los procedimientos y resultados del examen de orina Resultados: La encuesta reveló diferencias en el empleo de tubos de vidrio, tiempos de reacción para tiras reactivas, velocidad de centrifugación, aumentos y cantidad de campos microscópicos utilizados para contar elementos. Las concordancias obtenidas de los parámetros del análisis macroscópico de orina, para el color y aspecto, fueron de tipo aceptable (k=0,30) y leve (k=0,19), respectivamente; del análisis químico, las concordancias del pH (k=0,26), leucoesterasa (k=0,33) y sangre (k=0,38) fueron de tipo aceptables. Finalmente, del análisis microscópico, las concordancias para leucocitos (k=0,63), hematíes (k=0,70) y oxalato de calcio (k=0,66) fueron de tipo considerable, y para bacterias (k=0,08) y ácido úrico (k=0,34), de tipo leve y aceptable, respectivamente. Conclusiones: Existieron diferencias en los procedimientos para el examen de orina entre el personal de los tres hospitales evaluados, siendo una de las causas en obtener bajas concordancias.

Objectives: To determine laboratory differences in procedures and results of urinalysis and microscopy in three Lima, Peru large hospitals. Design: Descriptive study, with non-probability sampling. Settings: Instituto Nacional de Salud del Niño, Hospital Docente Madre Niño San Bartolome, and Instituto Materno Perinatal, Lima, Peru. Materials: Pediatric patients’ urine samples. Interventions: Two hundred and eight urine samples were aliquoted and distributed to the three hospitals studied that used their own laboratory protocol. Urine tests results were collected and a survey on test procedures was performed. Results in each hospital were compared using kappa analysis test. Main outcome measures: Laboratory differences in procedures and results of urinalysis. Results: Survey revealed differences in the use of glass tubes, reaction times for urine test strips, speed centrifugation, power range and number of microscopic fields used to count elements. Agreement obtained for macroscopic analysis parameters for color and appearance were respectively fair (k=0.30) and slight (k=0.19); pH (k=0.26), leucoesterase (k=0.33) and blood (k=0.38) agreement in chemical analysis were fair. Finally, in microscopic analysis, agreement for leukocytes (k=0.63), erythrocytes (k=0.70) and calcium oxalate (k=0.66) were substantial; and for bacteria (k=0.08) and uric acid (k=0.34) were respectively slight and fair. Conclusions: Differences in procedures used for urine test processing among personnel of the three hospitals evaluated caused low agreement in results.